第1集【保護雜渡昆奈門 之段】，一年乙班的伏木藏正在醫務室值班，黃昏軍的忍者首領雜渡昆奈門來到這裡，手臂還受了傷。伏木藏幫雜渡包紮，並要他在醫務室休息。

第2集【學習火繩槍的構造 之段】，一年丙班在上火繩槍的課程。但是，那一天偏偏擅長火繩槍的虎若缺席。土井老師則擔心只要讓亂太郎他們碰到火藥就沒什麼好事，結果他的擔心是對的。

第3集【了不起的人 之段】，為了阿繁，新兵衛決定要成為了不起的人。因此他也決定要一點一滴地慢慢努力。在上課的時候，新兵衛馬上就挑戰「半夜暴風雨之術」…

第4集【事先訂暗號揪出臥底 之段】，熬夜把總務委員會的帳務算完的團藏，說老家有小馬即將誕生。得知這件事的土井老師與一年丙班的學生們，說什麼都想去看小馬生出來的那一刻。

第5集【鵪鶉隱身術 之段】，在上”鵪鶉隱身術”的時候虎若一直沒有專心聽課。於是山田老師要他下課後到辦公室找他，結果虎若害怕挨罵而躲到樹叢裡。這個時候山田老師…

第6集【富士山之夢 之段】，差勁的劍豪花房牧之介單方面地把戶部老師視為勁敵。雖然牧之介想跟戶部老師戰鬥，但因為衝的力道過猛，衝進民宅之後而昏迷不醒。那個時候，牧之介做了個夢…

第7集【考試分數的原因 之段】，一年甲班的傳七跟左吉總是很優秀。但這次的考試成績很糟，還挨了安藤老師的罵。於是兩人把分數變差的原因，歸咎於班長彥四郎的身上。

第8集【過於正經八百 之段】，非常正經八百的浦風前輩，因為自己的關係害同是三年級的忍蛋受傷，這讓他非常在意。於是找亂太郎他們開始預習怎麼向人道歉，浦風後來也順利地向大家道歉了，可是…

第9集【受鏢師歡迎的烏龍麵 之段】，新兵衛與團藏去吃在鏢師之間很受歡迎的烏龍麵。山田老師原本想一起去，但兩人不想跟扮成女裝的山田老師走在一塊而加以拒絕。當兩人與行政人員小松田一起到烏龍麵店的時候，看到利吉就在店門口。

第10集【野村老師的壓力 之段】，野村老師變得無精打彩的。因為一想到跟自己不和的大木老師，他就覺得很有壓力。儘管他嘗試看書跟跑步，卻只是讓壓力變更大而已。於是野村老師找毫無壓力的亂太郎、霧丸跟新兵衛商量。

第11集【忍者的工作 之段】，亂太郎帶著霧丸跟新兵衛回家，在路上遇到打扮成西洋人的老爸。誤以為老爸是接不到忍者的工作而改做其他工作的亂太郎，急著不想當霧丸跟新兵衛看到老爸的模樣。

第12集【哪個山本品老師 之段】，山本品老師的生日到了，小雪、友美跟阿繁決定要替她開慶生會。山本品老師雖然很開心，但不知道該以老婆婆的模樣或是年輕的模樣出席。這時候便請亂太郎他們幫忙調查慶生會的料理跟裝飾的內容究竟是如何，結果…

第13集【笨刺客 之段】，不破逐漸練就出敏銳的直覺。但是，在他們一行人前進的方向卻遇到毒竹的八方齋。而且，還出現要追殺八方齋的刺客。而且八方齋還要求亂太郎他們保護他脫離刺客的追殺。

第14集【再度課後輔導 之段】，五年級的不破雷藏問亂太郎他們要不要再進行「移動豆子術」的課後輔導。一行人來到鎮上，卻被變裝成鎮民的毒竹忍者逮到。毒竹忍者要亂太郎他們數一數身上的豆子，想知道民宅與商家的數目。

第15集【不…不會吧 之段】，甲賀聞冥老師的弟子要進行實戰測試。就是要奪走放在某宅邸的女孩房間的密函。但是睡醒的女孩卻要求弟子教他那奇怪的纏蒙面布方法。

第16集【對灰洲井溝的愛 之段】，夢到自己敗給戶部老師的劍豪灰洲井溝，覺得自己的修行還不夠，於是從三更半夜就開始練習武術。看到他那麼認真的模樣，弟子飯加玄南打起精神希望設法讓灰洲井溝贏過戶部老師。

第17集【富松作兵衛的責任 之段】，清點工務倉庫的時候，一年乙班的下坂部平太因為發現少了一把鐮刀而慌亂不已。他害怕會被正經八百、責任感又強的前輩．三年級的富松作兵衛罵。於是平太與同是工務委員會的新兵衛、喜三太開始尋找那把鐮刀…

第18集【北石照代是人氣女王 之段】，做兼職忍者卻被炒魷魚的北石照代，在她沮喪的時候遇到了亂太郎、霧丸跟新兵衛。不想讓他們知道自己還沒找到工作的地方，北石不知不覺裝模作樣起來…

第19集【六年級採香菇去 之段】，到山上採香菇的六年級生潮江文次郎、中在家長次、七松小平太跟霧丸。他們各自選好場所開始採香菇，但同時在那座山裡有著想要襲擊他們的山賊。

第20集【疾風的恐懼 之段】，兵庫水軍的疾風雖然很會戰鬥，但是卻非常害怕幽靈跟妖怪。他在海上看到可怕的幽靈，於是逃到忍術學園。亂太郎他們設法要幫疾風躲起來。

第21集【送便當 之段】，亂太郎、霧丸跟新兵衛去了亂太郎他家，不過亂太郎的父親出門執行忍者的工作。亂太郎打算送老媽親手做的便當給他老爸。看見工作中表情認真的老爸，亂太郎著迷地說「好酷喔」…

第22集【隔壁大嬸大掃除 之段】，霧丸代替忙碌的土井老師回家繳房租給房東先生。跟往常一樣開始讓屋內通風並開始打掃的霧丸，實在無法忍受讓自己做白工。這時候，說著「我看不下去了」的隔壁大嬸過來了…

第23集【臉是性命 之段】，休完假的忍術學園，因為生物股長飼養的毒蟲與毒蜥蝪逃出來而引起一陣大騷動。這個時候學園長卻下令一年丙班的忍蛋們進行「移動豆子術」。

第24集【評價不錯的髮型】，大間賀時城主的大間賀時曲時，發現自己在外的評價不佳。他認為至少外表變好的話，評價也會跟著變好。於是把知名美容師齊藤幸隆叫到城堡裡，希望能幫他改變髮型…

第25集【室友的鼓勵】，保健委員會收集的藥草被風吹跑了。六年級的善法寺伊作與亂太郎覺得是自己的壞運造成的，因此變得非常沮喪。與善法寺同房間的食滿留三郎為了鼓勵重新出門採藥草的善法寺，便告訴他要露出笑容。