第1集【戶部老師的追蹤】，在土井老師家的亂太郎他們，還有拿風魔的老師所寫的重要信件來給土井老師看的喜三太，因追蹤襲擊美容師齋藤家的二人組而返回土井老師家的戶部老師敘述事情的經過。

第2集【聽利吉的經驗談】，非常搶手的自由忍者利吉來了，因為接受食滿前輩的拜託，決定在後山招開「聽利吉的經驗談」，亂太郎 、霧丸、新兵衛他們去叫六年級的前輩時遇到瀧夜叉丸，於是四年級也一起來聽利吉的經驗談。

第3集【夜間巡邏】，因為前幾天開始倉庫的物品一個個的遺失，所以招開工務委員會的臨時會議，另外醫務室的進口物品胡椒也被偷了，所以保健委員會也招開緊急會議。

第4集【尊奈門的怨恨】，黃昏城的忍者諸泉尊奈門以前在園田村戰爭時敗給土井老師的粉筆盒跟點名簿，自從那次之後對土井老師充滿怨恨。某天尊奈門在偶然的機會下看到跟忍蛋在進行野外慢跑的土井老師，燃起心中的執念。

第5集【今晚吃大餐】，連休假期的最後一天，相隔好幾天再見面的亂太郎跟新兵衛為了接霧丸去土井老師的家。因為是連休假期最後一天的晚餐而想要吃豐盛一點，霧丸請土井老師狠下心買魚並且煮了米飯，卻因為亂太郎他們來會減少食量而哭泣。

第6集【悲哀的父親】，利吉來忍術學園，山田老師以為利吉是來見他。沒想到利吉是跟兵庫第三協榮丸約在忍術學園見面，利吉請教兵庫第三協榮丸跟土井老師關於戰爭的情報，因沒有去請教山田老師，讓身為利吉父親的山田老師感到很傷心。

第7集【一年甲班的自尊心】，亂太郎、霧丸、新兵衛發現學校庭院的岩石上面放著一年甲班忍蛋的名冊。亂太郎他們以為是安藤老師忘了帶走而好心的送去給安藤老師，結果安藤老師對亂太郎他們說「不是忘了帶走、只是暫時先放在那裡」。

第8集【就是想炫耀】，亂太郎、霧丸、新兵衛下課後強拉喜歡讀書的庄左衛門外出去城鎮。結果在城鎮聽到有人在流傳庄左衛門很聰明，原本忍術學園的學生的事情應該是秘密才對，沒想到將傳言流出去的竟然是庄左衛門的爺爺。

第9集【超級認真的忍者】，霧丸被超小氣的高利貸拔天坊委託打工，打工的內容是帶拔天坊飼養的狗厘賃賃去散步。霧丸與亂太郎、新兵衛走在一起的時候，遇到曾經當過一年丙班的實習生、大間締堅藏老師。

第10集【伊助的憤怒】，學園長收到亂氣流道場的塚口水堂老師寄來的信，因為同住在一起的小百合跟他吵架而離家出走。小百合將道場棄而不顧，因此山田老師他們指派愛乾淨的伊助跟亂太郎前往亂氣流道場協助打掃。

第11集【房東改裝房屋】，土井老師跟霧丸利用休假回家打掃的時候，發現好像有人在家裡，結果竟然是房東。因為房東的房屋正在改裝而隨便的住進土井老師的家，霧丸同意房屋改裝結束前讓房東住在土井老師的家，不過要房東付一半的房租。

第12集【研究機關】，風鬼被八方齋命令成為「會裝置機關的毒竹忍者」，不知所措的風鬼走在街上遇到正在打工的霧丸。聽霧丸說忍術學園的兵太夫擅長設置機關，於是風鬼拜託霧丸介紹兵太夫給他，所以來到忍術學園體驗兵太夫的機關屋。

第13集【灰洲井溝的謠言】，戶部老師在茶館聽到有關劍豪灰洲井溝不好的謠言，戶部老師認為應該是搞錯了，後來亂太郎他們發現原來是灰洲井溝的徒弟飯加玄南到處散播師父的壞話，追究之後才知道有很深厚的原因。

第14集【文雅的工作】，山田老師發現沒落貴族南野園是式因為沒有錢吃飯而昏倒在深山裡。因此山田老師為了讓從來沒有工作過的沒落貴族南野園是式有飯吃，想辦法讓他工作，不過沒落貴族南野園是式卻帶給大家麻煩。

第15集【嚴禁當徒弟】，六年級的立花前輩，因為課程的一部份要學習陶器製作而去拜訪窯戶。抵達時很驚訝新兵衛跟喜三太也在場，窯戶介紹「陶藝的大師」給他，沒想到所謂的大師竟然是新兵衛跟喜三太，從這件事開始一連串的騷動。

第16集【小氣之道的精神】，霧丸去小氣之道的老師阿鈴婆婆的日錢屋幫忙，兩人外出去收取借錢出去的利息。因為霧丸沒接住從遠處丟過來的銅板，於是看到這個狀況的阿鈴婆婆想辦法要重新鍛鍊霧丸小氣之道的精神。

第17集【小小的蛇裝飾品】，六年級他們在打排球的時候，原本以為號稱壞運小子的亂太郎會被球打重，沒想到是霧丸被球打到昏過去被送去醫務室休息，霧丸清醒之後告訴亂太郎跟新兵衛，總覺得自己「最近壞運氣接踵而來」。

第18集【按學年來作戰】，毒葉子城忍者、風魔流忍者、萬壽烏、土壽烏也要參加此次的競賽。學園長呼叫高年級來會合加入忍蛋隊、按學年制定作戰來競賽。而且女忍者教室的小雪跟友美也來參加。

第19集【讓他放棄】，新兵衛的爸爸寫信給新兵衛，信的內容寫了「在街道的山巔的茶館等候，立刻過來」因此新兵衛緊急的去跟爸爸見面。亂太郎跟新兵衛因為好奇所以尾隨在新兵衛的後面，沒想到出現的竟然是花房牧之介。

第20集【想成為行政人員】，亂太郎、霧丸、新兵衛他們在偶然的機會下遇到很難應付的出茂鹿之介。鹿之介希望亂太郎他們幫他傳話給忍術學園的吉野老師，請吉野老師去向學園長推薦僱用鹿之介當忍術學園的行政人員。

第21集【被認錯的一年級】，風魔流忍術學校的錫高野前輩悄悄的去忍術學園找喜三太。因為曾經跟喜三太在風魔流忍術學校同班同學的古澤仁之進被毒竹忍者隊帶走了，所以要求喜三太一起前往救出古澤仁之進。

第22集【野牛金鐵的低潮】，因為劍豪野牛金鐵最近陷入低潮，幾乎沒有精神。食堂大嬸煮了一些可以滋補身體的營養料理拜託亂太郎、霧丸、新兵衛送去給野牛金鐵吃。沒想到花房牧之介竟然出現在野牛金鐵的家。

第23集【砍竹子的是…】，休假結束後霧丸要去忍術學園上學的途中，打算挖竹筍而進到竹林裡。此時霧丸目擊到有很多男人正在採伐竹子，這時候有一個男人朝向霧丸丟手裹劍，因此懷疑這些男人採伐竹子的動機。

第24集【有頭的地藏菩薩】，順利通過第一指定點的亂太郎跟左近這一組，正要前往第二指定點的途中遇見作兵衛跟喜三太這一組。喜三太他們說在竹林裡看見毒竹忍者跟竹林的主人正在談話。

第25集【不是郊遊】，六年級的潮江前輩不聽土井老師的勸告，奔跑出野營地去找黃昏城忍者隊的首領對戰。其他的六年級跟五年級的前輩也跟隨在後追了出去，野營地只留下受傷的善法寺前輩。

第26集【南蠻時尚】，七松前輩丟出去的寶祿火箭飛到對面的山裡，剛好命中毒竹忍者隊準備的大砲。亂太郎他們也都來到會合的地點，行蹤不明的隆丸跟三郎次這一組終於出現了，但是沒想到竟然跟黃昏城城主一起前來。

第27集【南蠻留學】，亂太郎、霧丸、新兵衛吃完烏龍麵要回家的途中遇到幻術師里芋行者。因為里芋行者的師父自然署居士叫他陪同前往南蠻，里芋行者擔心老婆會因此感到寂寞而煩惱，沒想到所謂的南蠻竟然是…。

第28集【被識破的變裝】，亂太郎、霧丸、新兵衛因為五年級的蜂屋三郎前輩變裝成不破雷藏前輩，總是區別不出誰才是本人而感到困擾。根據蜂屋前輩的說法，只有一位老師可以識破他的變裝，因此想要知道那位老師是用什麼方法來區別。

第29集【青春的回憶】，學園長的老朋友龍王丸來忍術學園拜訪學園長，焦急等候的學園長卻裝做毫不在意的樣子，學園長叫亂太郎帶領龍王丸去見他，兩個人互相交換禮品之後，亂太郎被叫住、被迫聽他們炫耀年輕時的事情。

第30集【六年級的海上巡視】，霧丸接了兵庫第三協榮丸委託的海上巡視的打工，所以找六年級的潮江前輩、七松前輩、中在家前輩一起乘船出海去巡視。卻在海上遇到假扮普通商船的海盜，於是六年級的前輩們展開反擊。