第1集【可疑的老人】，在回忍術學園的途中， 遇見一位似忍者的老人，讓土井老師覺得十分可疑。而亂太郎等人還在學園裡等候消息，此時，除了土井老師以外，還有其他人也在調查奇怪的老人。

第2集【駐在所的所長】，在小屋內當女侍的傳子和利子，為了要收集情報而使出天唾之術。結果此時賣饅頭的以及毒竹忍者隊長大黃奈也來了…

第3集【半夜裡的委員會】，忍術學園的總務委員會將要舉行預算會議，得知此事的一年丙班總務股長團藏突然害怕了起來。委員長潮江文次郎前輩可是號稱學園第一有忍者風範的人物呢。

第4集【奇怪的毒蛋】，兵庫水軍的網問和間切來到忍術學園商量事情，是有關學園長介紹去臨海學校的毒竹忍者們，看起來行徑相當怪異。對此事擔心不已的第三協榮丸託兩人帶來的消息是…

第5集【深夜的毒蛋】，這天深夜，毒竹忍蛋們來忍術學園找亂太郎等人商量，隊長達魔鬼提議借用鴨子船練習划船，於是前往儲水池去。誰知鴨子船馬上就沉沒了！煩惱的毒竹忍蛋們竟說出驚人之語…

第6集【飯加玄南來了】，亂太郎家來了個打工的人，一看之下真令人吃驚，是灰洲井溝的弟子飯加玄南！原來是要到忍術學園的途中，弄掉了錢包而求助於亂太郎的媽媽。

第7集【破廟的打工】，霧丸等人看到了「製作扇子打工招募」的宣傳單，好像就是向小松田家購買大量未完成的扇子那些人。隔天早上，亂太郎等人來到村外的破廟應徵打工…

第8集【又見玄南君】，跑馬拉松時，巧遇飯加玄南的土井老師和新兵衛，因此得知白鬼城的企圖，打算前去通知對方。在途中與灰洲井溝和亂太郎等人會合，大家就依照土井老師的指示前往某處去…

第9集【霞團扇之術】，白鬼城的忍者們，在山谷入口使用「霞團扇之術」來進攻，毒氣很快的逼近，此時亂太郎等人準備使用新野老師準備的秘密武器來應戰。

第10集【委員會活動停止】，學園長突然舉行了朝會，說是因為委員會的活動太多使得忍蛋們的成績都退步了，因此在成績進步之前要暫停活動。忍蛋們聽聞此事可是樂透了！此時，小松田卻帶來了不得了的消息。

第11集【保健委員會的烽火】，保健委員長善法寺前輩將山賊的火藥保管的場所訊息用烽火傳遞，但內容短缺讓人無法理解，此時就靠圖書股長和生物股長協力將暗號解讀出來

第12集【和服的花樣】，受染布店請託，希望保護和服的花樣不讓對手給模仿的亂太郎、霧丸和新兵衛來到了對手店舖調查，若查知對手花樣還能獲得額外獎金，怎知友美、小雪和阿繁竟在此打工

第13集【緊急的老人】，小松田突然在上課中將團藏叫到學園長室去，說是家裡有急事要找他，原來是園田村的長老手瀉大人在等著他呢！

第14集【急忙前往園田村】，此番大間賀時城與黃昏城之役，原來是聲望低迷收取不到稅金的大間賀時城主所計劃的。得知此事的山田老師與亂太郎等人明白園田村將陷入危機，即刻出發前往園田村！

第15集【認真的魚販】，亂太郎受食堂大嬸請託，送辣韮菜去給第三協榮丸，卻聽說稍早時，牧之介曾來此，表明想放棄劍豪來當魚販，希望能分點魚給他一事。

第16集【彈跳砲彈】，透過望遠鏡發現黃昏城軍的鐵砲與加農砲的眾人，正在做被攻擊的準備，另一頭，五、六年級生正追蹤入侵園田村的敵方忍者，朝著森林深處前進…

第17集【山賊搬來了】，到山裡頭撿木柴的亂太郎、霧丸和新兵衛，被深山裡的山賊發現而追殺。好不容易逃入一個山洞，沒想到竟是山賊的藏身處！面臨生死關頭的三人，將變裝成山賊逃走…

第18集【工作的途中】，利吉在工作中，因為太想吃食堂大嬸的料理而來到忍術學園，滿足的飽餐過後，難得來校的利吉不願與父親山田老師見面，竟然是請亂太郎等人反覆傳話…

第19集【吃喜歡的食物】，煩惱晚餐菜單的食堂大嬸，決定要做大家喜歡的料理。為了不吃魚漿製品的土井老師和不敢吃辣韮菜的野村老師，大嬸用精細刀工將竹輪和辣韮菜切成細絲加到飯裡去…

第20集【百合子的病】，石火箭百合子的狀況不太好，為此相當擔心的田村找上了土井老師商量。土井老師認為可能是換了不同的砲彈發生了不適合的情形，因此決定前去找砲彈研究家多田堂禪老師。

第21集【好戰的委員長】，工務委員富松前輩面無血色的來到了一年丙班，原來是繩梯不見了。工務委員長食滿前輩是個好戰的武鬪派，若是被他發現繩梯遺失一事一定會很慘，擔心不已的富松前輩就…

第22集【三治郎的對手】，班上第一飛毛腿是亂太郎，總是排在第二名的三治郎雖然掛著笑容，但其實內心懊悔不已。亂太郎為何能跑的那麼快呢？太想知道原因的三治郎決定去請教土井老師。

第23集【搞錯的是誰】，想要讓毒蛋們體育課上桌球的魔之界老師，從郵購訂了桌球拍，沒想到送來的竟是辣韮菜！氣沖沖的來到了出貨人大木老師的家中…

第24集【我想念書】，浦風前輩焦急的來到食堂，因為午後有歷史考試，準備用餐完後開始念書。到了圖書館卻看到霧丸正要開始整理書本，無法專心念書的浦風只好來到…

第25集【讓山澀鬼回去】，突然轉學來到忍術學園的山澀鬼，是因為崇拜山本品老師的變身術，而瞞著其他毒蛋們偷跑來的。聽聞此事而驚訝的小雪、友美和阿繁三人該如何讓她打消這個念頭呢？

第26集【作戰演習】，正在原野上進行作戰演習得毒竹城，吵得附近的村民無法工作，忍術學園為了要趕跑毒竹忍者而展開某項計畫，因為要實行計畫，因此選中了飛毛腿亂太郎和三治郎。

第27集【忍者的才能】，在某戰場工作的利吉，遇到了毒竹忍者風鬼。一直想找機會和利吉見面的風鬼，原來是想請託利吉，當最近莫名對忍術失去興趣的風澀鬼的家教老師。

第28集【行政大嬸的秘密】，一年丙班來了位特別講師，那就是能看穿忍術學園所有人秘密的行政大嬸！今天要來指導大家如何看穿他人，無所不知的行政大嬸將說出不得了的祕密…

第29集【更像小孩一點】，圭子突然來到忍術學園，因為新兵衛的爸爸不見了！原因好像是圭子太過關心爸爸，一直把爸爸當做小孩子看待造成的。新兵衛於是建議圭子要像個小孩一點，沒想到…

第30集【劍豪的聯誼會】，劍豪的聯誼會將要舉行了，戶部老師和跟班金吾一同前來，遇上了灰洲老師和弟子玄南。強烈擁護各自老師的金吾和玄南會擦出什麼火花呢？

第31集【北石照代的不滿】，接受茅茸城主招待的學園長，帶著跟班亂太郎三人前來。亂太郎三人遇到了北石照代老師，原來是北石老師看了招募忍者的傳單而來，卻被分發到廚房工作…

第32集【想上哪些課】，山澀鬼在毒竹忍術教室說出想要學習戰輪的想法，原來是因為在忍術學園時，聽過瀧夜叉丸自封為戰輪第一高手而心生憧憬。因此，魔之界老師就…

第33集【我不想哭 】，小松田秀作的哥哥優作來到了忍術學園，原來是因為家中工作太忙，希望弟弟回去幫忙。聽到亂太郎等人轉述秀作老是出錯一事的優作決定…