第1話【人生萬事塞翁失虎】，被孤兒院趕出門，在橫濱街頭遊蕩的中島敦，擔心自己會橫死街頭，下定決心不管做什麼都要想辦法活下去。正當他打算洗劫路人的時候，遇到落河自稱尋短的奇妙男子太宰治，並將他帶回武裝偵探社說要介紹工作。太宰和同事國木田向阿敦打聽吃人虎的消息，聽到吃人虎阿敦嚇得站都站不穩。

第2話【有個炸彈】，加入武裝偵探社的阿敦，因為沒辦法控制自己的特殊能力，覺得無法勝任這個工作。接到國木田的緊急聯絡後，太宰和敦趕回偵探社，發現偵探社被炸彈客佔據，並挾持一名職員作人質，要求社長出面交涉。太宰決定讓唯一不會被識破的菜鳥阿敦假扮送報員去干擾歹徒。

第3話【橫濱歹徒樂園】，阿敦順利通過入社測試，終於成為偵探社的正式員工。當菜鳥的慣例是要猜出前輩們上一個職業，阿敦一一推出前輩們的上一個職業，唯獨太宰仍然是個謎。有名西裝女子委託偵探社調查暗巷內的不法行徑，谷崎和奈緒美帶著阿敦出門查案，原以為是個普通的調查任務，卻遇到了不該遇到的人。

第4話【命運論者的悲哀】，被太宰出手相救順利從芥川手中逃走的阿敦，得知港區黑幫懸賞70億要活捉他，而且可能會讓偵探社變成黑幫攻擊目標，國木田甚至說「可能會變成最糟事態」，多重打擊之下，阿敦內心自責不已。為了不給任何人添麻煩，阿敦決定離開偵探社，主動聯絡黑幫的樋口談條件。

第5話【D街的謀殺案】，受到港區黑幫武鬥派黑蜥蜴的攻擊，武裝偵探社依舊從容地將其擊退。原來國木田說的最糟事態，是指擊退敵人後收拾殘局的意思。太宰命阿敦去幫忙江戶川亂步辦案，因為亂步雖然有超越常人的推理能力，卻是連電車都不會坐的大路癡。到了現場，面對不認同偵探社實力的刑警，亂步跨下海口說要1分鐘破案。

第6話【蒼之使徒】，橫濱發生觀光客連續失蹤的案件，偵探社收到委託調查此事。國木田來到地下駭客填口六藏的老巢尋求情報，得到被害者的照片和「蒼之使徒」這個謎樣的名字。國木田的計程車駕駛線民正好有目擊11名被害者的其中2名，按照情報驅車前往，目的地是一間充滿可疑氣息的廢棄醫院。

第7話【深愛名為理想的疾病】，蒼之使徒預告將設置炸彈在市區進行大規模轟炸，如果沒有解除炸彈，就要把死傷多人的責任變成武裝偵探社的醜聞，這次的作戰關係到偵探社的存亡。廢棄醫院唯一救出的受害者佐佐城信子，是大學社會心理學的老師，她認為這次的事件可能跟國木田以前偵辦過的蒼之王有關連。

第8話【先殺別人後葬自己】，雖然太宰突然行蹤不明，但是武裝偵探社的員工們似乎習以為常。偵探社專職醫生與謝野晶子強拉阿敦陪她購物，途中在電車上遇到港區黑幫襲擊。瘋狂的炸彈魔梶井基次郎在車廂內設置許多炸彈，與謝野和阿敦為了找出炸彈來回奔波，在阿敦面前出現了一個穿著和服的少女擋住去路。

第9話【美人不言宛如石像】，受人利用，以特殊能力暗殺目標的少女－泉鏡花，被阿敦救回偵探社經過與謝野治療後，要求阿敦要請她吃豆腐火鍋才願意透露情報。國木田要求阿敦將鏡花交給警方，但是這麼做鏡花肯定死罪難逃，阿敦內心不斷糾結，只好帶著鏡花在橫濱大街上「約會」，此時，鏡花前上司芥川突然現身。

第10話【羅生門與虎】，太宰的前搭擋中原中也來探監，懷疑他是別有企圖才故意被監禁在此，果然太宰的目的是查出懸賞阿敦的幕後金主是誰。此時，阿敦被芥川綁架以偷渡郵輪運往金主所在之處，為了幫助阿敦逃走，鏡花決定與芥川同歸於盡。阿敦對趕來救他國木田說，他無法狠心丟下鏡花逃走。

第11話【其一,不適合她的職業 其二,有頂天偵探社】，重傷瀕死昏迷中的芥川，靠維生系統勉強保住一命。面對綁架阿敦失敗，還有舊仇家尋仇，只有後輩樋口依舊站在芥川這一邊。樋口深知自己能力不足，但仍堅持自己所選的道路。另一邊，阿敦跟宮澤賢治出門查案，對於賢治異於常人的率直單純和問案手法，阿敦既吃驚又佩服不已。

第12話【即使逆流浪潮 將我們推向過去歲月】，懸賞阿敦的幕後黑手，是名為「協會」北美特殊能力集團的團長法蘭西斯。綁架失敗後，法蘭西斯決定親拜訪偵探社，帶著大筆金錢意圖買下偵探社的特殊能力營業許可證，被社長福澤一口回絕。於是協會將7層大樓一夕之間夷為平地作為警告…