第1集【裝備升級】，安全特工隊一起逛商場，魯西西發現一店鋪內擺放著安全特工隊的模型和玩偶，皮皮魯，羅克，亞旗也都跟了過去，覺得好神奇，現在好多小朋友都想加入安全特工隊。魯西西打趣到，得根據成績重新挑選隊員，皮皮魯表明安全特工隊只要勇敢和有正義感就可以。第2集【霧霾來襲】，在運動場上跑步的羅克，覺得喉嚨疼痛，看著手機顯示嚴重霧霾天氣，跑到了亞旗的根據地，他感覺特別睏，渾身沒有力氣，還發燒咳嗽，眼前反復出現模糊又清醒。亞旗大喊一個小孩暈倒了，安全特工隊出動！被變小的安全特工隊坐上潛水艇，被強烈的吸進某處。

第3集【兒童不喝能量飲料】，皮皮魯玩完滑板回到家裡，發現桌上的能量飲料，，直接咕嚕咕嚕喝下，直到魯西西也回來，都沒看見“小朋友們注意不要飲用”的警示語。夜深了，皮皮魯躺在床上，眼睛瞪得圓溜溜的始終不入眠，結果嗖坐了起來，開始玩了起來，玩遙控迷你車，屋內投籃，做徒手操，直到太陽都出來了，皮皮魯才躺在床上睡著了。第4集【好好上課】，開早會，老師介紹新來的轉學生森娜,並安排坐在第三排魯西西旁邊。第二排的大海試圖絆倒她，還沒伸腿，森娜自己被自己絆倒，嚇了淘氣包三人組一大跳。森娜知道皮皮魯魯西西是安全特工隊，非常開心。

第5集【躲避校園入侵者】，綠頭髮憎恨所有的幸福快樂，一遍偷看著學校一遍發出尖銳的低語。紅藍鼻子準備從學校外側爬牆混入學校，結果摔倒，隨後偽裝成高中生從正門混入，在學校走廊滅火器的後面放置炸彈。正巧SEAN經過，詢問藍鼻子是否需要幫助，藍鼻子謊稱是設置除鼠器，被SEAN識別出是炸彈後，改口說自己是安全特工隊的朋友，在執行秘密任務……第6集【吃飯不打鬧】，食堂廚房值日生羅克晚到，按照老師指示移動物品。羅克將飯盤堆積如山後倒塌，羅克把飯盤塞滿放在烘乾機開啟電源，烘乾機不堪重負冒出白煙，老師急忙來關閉電源。羅克將菜桶一層層堆積一下開始搬運，被地面的水滑倒人和桶都打翻在地，灑出的肉丸香味飄了出去。淘氣三人組聞到香味翹課跑出教室跑向廚房……

第7集【不要給陌生人開門】，魯西西和森娜在家門口輸入大門密碼的時候，森娜出聲念出密碼的數位，被魯西西制止。進門後，發現冰箱裡面沒有吃的，出門去買點東西，讓森娜和利利玩會。結果扮成快遞叔叔的紅藍鼻子去敲門準備綁架魯西西……第8集【安全通道是救命隧道】，校園廣播中通知同學們演出下午4點開始，請同學們提前10分鐘入場。體育館的大堂內，觀眾和演員們紛紛落座，亞旗作為主持人做開場詞。與此同時，舞臺後方偽裝成演出工作人員的紅鼻子發出了邪惡的笑聲。亞旗宣佈表演開始，皮皮魯正在跳著搞笑的群舞，音樂驟停場內充斥著刺耳的噪音，綠頭髮也坐在觀眾席內……

第9集【要好好的活著】，森娜和魯西西看到留言板上，寫了天上的鳥兒多自由啊，覺得會有不好的事情發生。亞旗懷疑有人要自殺，安全特工隊不能坐視不管，尋找情緒不穩定或者看起來灰心喪氣的同學，注意到了小藝，她的朋友給她餅乾，她突然發火說不想吃走開了，皮皮魯根據此鎖定黑板上的留言是小藝寫的，目標盯在小藝身上……第10集【抵制校園暴力】，皮皮魯的同學放學了沒有立刻回家，而是單獨坐在位置上，皮皮魯問詢原因同學也沒有告知，就匆忙離開教室了。一出校門被驚一跳！原來門口有中學生和不良少年二人已經等他多時，還嚷嚷著讓他裝親近一點……

第11集【狗狗雙刃劍】，魯西西、森娜和利利去公園散步，碰到一隻可愛的小狗，森娜過去摸它的腦袋，小狗充滿戒備地發出低吠聲，魯西西抓住森娜的手制止了，並告知森娜小狗特別害怕陌生人朝自己頭頂伸出手的動作。他們在公園小賣店買烤腸的時候，森娜喂一隻跑到她腳下的小狗烤腸，也被魯西西制止，還告訴她小狗亂吃人類的食物也是比較危險……第12集【搗蛋三人組】，下雨了，淘氣包三人揮舞著雨傘互相打鬧，先是碰到了路過的小女孩雨傘，之後又撞倒了立式看板，被店裡的大叔發現後，轉身向下坡路跑去，木木追趕在前面跑遠的大海和小歐，腳底一滑，向前撲倒，手裡的籃球也咕嚕嚕滾了下去……

第13集【不能惡意偷拍】，皮皮魯課間休息時間，覺得無聊拿出手機玩，看了一眼開始爆笑並且四處張望，森娜很疑惑轉身向後看，就發現同學們傳來偷笑的聲音，她覺察出不對勁，搶過皮皮魯的手機，發現班級群裡有好幾張自己留著口水，以及誇張地張大嘴巴打哈欠的照片，還有一張得了10分的考試卷……第14集【識別校園裡的謠言】，學校傍晚黑乎乎的走廊，木木拿著教科書，被陰森的氣氛、奇怪的聲音和窗外搖晃樹枝嚇得扔下書本就跑了。第二天課件時間木木就跟大家講述自己昨晚在學校的恐怖經歷，並且添油加醋，謠言俞傳俞烈，同學們都很恐慌，娜娜都不敢一個人上廁所了。放學前的總結班會，值日生害怕提前回家，小歐和SEAN說他是不是被女鬼抓走了，老師很擔憂，囑咐大家不要相信謠言……

第15集【拒絕惡作劇】，某個帶帽衫的人從學校女廁跑出來，嚇的娜娜和素妍大聲尖叫。上課前，皮皮魯魯西西跟森娜打招呼，淘氣包三人組中的大海看見森娜從眼前路過，弓著背悄悄地靠近森娜身後,準備在她裙子上畫畫，結果嚇到森娜尖叫，魯西西一副慌張的表情，質問大海，這是惡作劇，讓他趕緊給森娜道歉……第16集【大掃除】，最後一節課老師安排了大掃除，木木和大海揮舞著笤帚當劍玩，魯西西掃好的垃圾也被踩亂，很氣憤，在教室裡追趕大海和木木讓他們停下來。大海繼續揮掃帚向木木腿部，木木失去平衡腳底一滑，直接掉到窗外！

第17集【河流湖泊求生】，野外淺水溪邊，四個帳篷紮營處，羅克正帶領同學做熱身運動，老師在講解注意事項。皮皮魯發現淘氣包三人組偷偷溜去叢林小路。三人組到達水流湍急的深邃溪穀，開始拍照游泳，潑水玩耍……第18集【自然中的隱患】，配合課堂上講解各種植物，這次的課堂老師安排在戶外，觀察神奇的植物，並用相機拍下記錄。森娜和魯西西分到一組，她給靠近岩石縫裡的粉花拍照片，想上手去摸，探測到有強烈的毒性，被魯西西制止。而皮皮魯在山路上撿起野果要吃，也被亞旗制止，並告知他亂吃野果很危險……

第19集【安全運動不逞能】，體育館內羅克帶著皮皮魯班做熱身運動，淘氣三人組不認真做。羅克拿著籃球給大家介紹今天的課程，示範一根手指轉籃球，胯下運球的動作。皮皮魯也跟著做起了各種帥氣的籃球動作，引起大家鼓掌。大海見了嫉妒皮皮魯受歡迎，也拿起籃球準備秀一下，結果失敗被唏噓。第20集【不盲目減肥】，課間休息，娜娜美美和小藝在教室練習舞蹈，小藝動作生疏摔倒，娜娜美美扶她起身。娜娜提醒她是否又胖了，擔心影響最近的才藝表演。小藝一臉尷尬。吃飯時，娜娜美美只喝牛奶，而小藝餐盤堆著高高的菜肉，娜娜感歎，小藝表示今天飯菜很合口，兩人鄙視眼神。

第21集【對校園霸淩說不】，學生們放學回家，娜娜和美美很開心的聊天，素妍看起來沒精打采，並且拒絕了放學後去娜娜家玩耍的邀請，娜娜美美感覺很奇怪。早上教室裡，娜娜美美等四個女生圍在一起說悄悄話，不時發出驚訝，素妍進入教室和大家打招呼，幾個女生瞬間安靜，只有娜娜無視素妍繼續說話。第22集【警惕傳染病毒】，綠頭髮舉著一個裝有綠色液體的玻璃容器，慶祝自己綠色病毒研製成功。紅藍鼻子用背包裝著綠頭髮研製的病毒到達學校，同學們陸續走進教室，SEAN打了一個噴嚏，魯西西問是否是感冒了。放學時，魯西西也感到頭疼，而皮皮魯沒有在意……

第23集【別把筆變成匕首】，上課時坐在教室後方的大海和木木在嬉笑打鬧，大海皮筋加上一塊橡皮瞄準小歐打了過去，然後和木木一起假裝認真寫筆記，小歐無奈轉頭繼續看黑板。大海和木木偷笑並且拿出鐵尺將橡皮切成小塊，大海繼續瞄準小歐射擊，小歐被打中很疼，老師轉頭責備小歐上課要認真聽講。第24集【他人之物不可貪】，綠頭髮又想到了毀滅安全特工隊的新計畫。考拉將新型遊戲機帶到了學校，淘氣三人組和同學們紛紛羡慕和圍觀，大海伸手想借遊戲機被考拉拒絕，小歐認為考拉小氣，考拉拿著遊戲機走開，同學們尾隨，大海氣憤……

第25集【亞旗丟了】，皮皮魯、魯西西、羅克三人到亞旗家，發現沒有人。桌子上放著四個新S-watch，ANN也無法搜到亞旗的位置，三個人驚慌。而亞旗醒來發現自己躺在三面白色牆壁的房間，玻璃牆對面坐著綠頭髮，只能看到卻碰不到……第26集【緊急營救】，UFO基地一個黑色輪廓像對綠頭髮說他不是安全特工隊的對手，是失敗之作。然後向綠頭髮伸出手，綠頭髮變回楊洋，亞旗認出了楊洋。閃回到體育館內部節目會場中，6個競賽者參賽手動程式設計創造AI書，亞旗和楊洋也在其列，在其他人還沒有完成時，楊洋的不死鳥已經華麗登場，主持人誇讚觀眾掌聲，楊洋勝券在握……