康熙二十三年，索額圖囂張跋扈，把持官場。江甯貪腐，賑災時以黴米代好米，引發時疫。索額圖隱瞞案情，然而前往調查的禦史郭秀死裡逃生，御前告狀，揭開了真相。康熙震怒，命陳廷敬任左都禦史，查清江寧一案。索額圖在陳廷敬到任第一天，就給他下馬威，被陳廷敬一一化解。陳廷敬微服出巡，不料船抵江甯，湯賓已派下屬江甯知府于振甲在碼頭迎接。陳廷敬突擊粥廠，但湯賓早有準備，粥廠全是好米。陳廷敬這才發現江寧官場是一潭深水。而同時，索額圖也派心裕帶人連夜趕往江寧。陳廷敬來到粥廠，見到了兩江總督王新命，王新命為了賑災親自操勞，但是江蘇巡撫湯賓卻避而不見。陳廷敬來到賑災現場，見到湯賓，湯賓對陳廷敬十分無禮。

心裕帶人來到江寧，讓湯賓和於振甲放膽和陳廷敬周旋。陳廷敬挖墳驗屍，查到了湯賓和於振甲用黴米賑災的證據。湯賓讓於振甲出面頂罪。陳廷敬不顧眾人的阻攔，將於振甲押赴刑場，於振甲嚇癱，招供是湯賓指使自己。陳廷敬查抄了湯賓的行轅，卻驚訝地發現湯賓很清貧，他和災民一樣吃的都是黴米，這才明白湯賓是個清官，是為了幫百姓做實事才不得已投靠索額圖，真正的貪官是王新命。在陳廷敬的勸說下，湯賓決定回京說出真相，並讓陳廷敬去尋找一個叫朱鵬舉的重要證人。陳廷敬命趙鐵去尋找朱鵬舉，同時押湯賓返京，但是湯賓卻在啟程之前當眾自殺了。陳廷敬猜到事情的關鍵在湯賓的女兒湯福慧身上，但是湯福慧失蹤了。

湯賓之死引發了朝堂的爭議，索、明兩黨為陳廷敬爭議不休，康熙下旨免除陳廷敬的職務，宣陳廷敬回京。陳廷敬命趙鐵帶著江寧貪墨案的證據，先行回京營救郭秀，郭秀在刑場上撿回一條命。陳廷敬被迫回京，康熙下旨明珠審問。陳廷敬之女采薇因為擔心父親，去向明珠之子容若求助，陳廷敬夫婦試圖阻止采薇和容若之間的情緣。明珠私下來見陳廷敬，提出交易。陳廷敬拒絕。康熙助陳廷敬離開京城去尋找翻案的證據，並讓郭秀隨行。陳廷敬和郭秀設計從王新命那裡套出了湯福慧的下落，卻被心裕搶先一步，帶人去劫湯福慧，陳廷敬和郭秀隱藏在暗處，原來地址是陳廷敬故意留給心裕的。他想借心裕的人馬擾亂王新命別墅的護衛，好借機救出湯福慧。

陳廷敬和郭秀救出了湯福慧，在湯福慧的幫助下，找到了湯賓留下的遺書和貪墨帳冊，準備返京。心裕抓走了陳廷敬。郭秀和湯福慧脫身，帶著證據前往京城，但是一進京城，就被索額圖的手下莫爾根抓了，莫爾根搶走了帳冊。湯福慧帶著遺書逃脫，被陳廷敬之子陳壯履救回陳府。陳廷敬利用明珠和索額圖的矛盾，說服索額圖放了自己，索額圖卻想借陳廷敬之手對付明珠。明珠在大理寺即將開審陳廷敬，陳廷敬在最後一刻趕到，拿出遺書證據證明了湯賓一案自己沒有審錯。康熙下旨恢復了陳廷敬的官職和權力，讓他繼續審江寧一案。陳廷敬拿到了朱鵬舉的口供，證明王新命先貪墨了賑災銀，並設計陷害湯賓。康熙震怒，下令讓陳廷敬好好審案，並召王新命入京候審。

明珠約陳廷敬喝茶，把帳冊送給了陳廷敬，希望與陳廷敬結黨。陳廷敬收下了帳冊，但是拒絕了結黨。陳廷敬心裕的罪證交給康熙，但康熙看在索額圖兄弟以往的功勞份上，赦免了心裕，並將江寧一案交給內閣定案。陳廷敬求見康熙被拒，陳廷敬失望。湯福慧要查殺父仇人，陳壯履幫福慧調查。明珠聽從幕僚趙柳堂的建議，準備用一枚銅錢的案子，打擊索額圖。王夫人不許采薇見容若，要斷二人情意。明珠卻突然命人去陳府，為容若求娶采薇。陳廷敬識破這是明珠的奸計，讓王夫人瞞著采薇。陳廷敬拒絕了明珠府的提親。采薇隨王夫人入宮，被明珠夫人戳破了提親一事，采薇向容若表示自己願意嫁給他，容若得知明珠向陳府提親，大吃一驚，回到家中，與明珠大吵一架。

壯履去找容若問采薇的事，認出明珠府奴才莫爾根，誤以為福慧的仇人是明珠。明珠向康熙進言，民間銅錢短缺影響民生，康熙命陳廷敬調查寶泉局。陳廷敬懷疑為寶泉局買銅的皇商孫懷義，命郭秀暗查。郭秀果然查出孫懷義有問題，陳廷敬決定設計套孫懷義的底細。索額圖發現陳廷愫來京，決定利用陳廷愫對付陳廷敬。陳廷愫假扮銅商賣銅，引蘇裕泰和孫懷義上勾，被陳廷敬抓到把柄，孫懷義招出了蘇裕泰的私鑄坊。陳廷敬和郭秀帶人查封了私鑄坊，發現了蘇裕泰毀錢煉銅的證據。額納圖向索額圖求救，索額圖讓心裕對陳廷愫動手。
心裕偽造證據，以天地會逆黨的罪名抓捕了在通州做生意的陳廷愫。僕人慌忙回到陳府報信求救，陳壯履得到四叔被抓的消息。

陳壯履去通州打探消息，得知陳廷愫已經在口供上按了手印，陳壯履私下向容若求救，容若瞞著陳廷敬，幫壯履救出了陳廷愫。明珠約見陳廷敬，告知他陳廷愫一事，陳廷敬大驚。康熙詢問陳廷敬，營救逆黨一事，陳廷敬為了掩護容若，承擔罪責，憤怒的康熙讓他回家“養病”，寶泉局一案被迫停滯。郭秀為陳廷敬喊冤，康熙讓郭秀去私下查明逆黨一案的真相。容若得知陳廷敬蒙冤，主動找到心裕投案自首，索額圖將容若涉案一事稟報給康熙，透露明珠與陳廷敬在暗中籌畫聯姻，康熙對陳廷敬起了猜疑。陳廷敬幫郭秀找出陳廷愫的口供被偽造的證據，索額圖兄弟得知此事，要把郭秀滅口，幸被明珠阻撓。郭秀把證據交給康熙，證明了陳廷愫和陳廷敬的清白。

康熙下旨恢復了陳廷敬的官職，繼續查寶泉局案，並讓明珠協助陳廷敬。陳廷敬審問蘇裕泰，蘇裕泰招供毀錢煉銅都是額納圖指使他做的。額納圖發現索額圖有放棄自己之意，私下轉投明珠，卻被索額圖發現。索額圖恩威並施，額納圖無路可走，重新回到了索額圖門下，承擔了一切罪名。寶泉局案結案，索額圖成功脫身。湯福慧追問仇人的消息，陳壯履推脫隱瞞。陳壯履和張宸英私下談論，湯福慧的仇人是明珠，福慧偷聽到二人談話，得知真相，留書出走。康熙下旨為容若賜婚官氏，容若意欲抗婚，明珠指責容若此舉會讓納蘭氏滿門抄斬，容若只能接受現實。張宸英幫助采薇與容若相見，二人訣別。容若死心成婚。新婚之日，陳廷敬去明珠府祝賀，開導容若。

順天鄉試放榜當日，張宸英意外落榜，陳壯履名次很靠後，兩人都很意外。落榜的士子們大鬧貢院，聲稱順天鄉試有舞弊。康熙下旨讓陳廷敬徹查鄉試案，明珠推舉徐乾學一同辦案。陳廷敬和徐乾學召集考官問話。索額圖命令心裕和麻勒吉等人，將相關證據統統毀掉。明珠認為康熙之所以大張旗鼓查鄉試案，是對索額圖的專橫有所不滿，決定抓住這個機會扳倒索額圖。陳廷敬下令將貢院上鎖，在查出真相之前，所有官員都不得離開貢院。陳廷敬和郭秀檢查考生們的初稿墨卷，墨卷房忽然起了大火，考官王振業因救火而受傷。陳廷敬和郭秀懷疑是主考官濟善。陳廷敬派人把丁大治抓到貢院，親自出題考丁大治，丁大治應答出色。陳廷敬意外，懷疑是徐乾學向丁大治透了題。

壯履從解元丁大治口中套出，解元可以花錢買。根據壯履的情報，陳廷敬審問丁大治，丁大治招供是從濟善家奴丁三手裡買考題。郭秀去濟善府抓丁三，丁三失蹤，陳廷敬懷疑丁三一家遇害了。濟善否認自己曾指使丁三賣考題。索額圖和心裕查出是明珠派人燒墨卷房，嫁禍給他們。陳壯履告訴陳廷敬，徐乾學的兒子徐樹屏也是靠作弊考中的。丁三的妻子劉氏來到都察院投案，差點被心裕的人滅口，劉氏為夫喊冤，表示丁三被濟善滅口了，因為丁三手中有濟善賣考題的證據。劉氏把證據交給了陳廷敬。陳廷敬審問濟善，濟善承認自己賣考題，但是否認燒墨卷房一事。陳廷敬懷疑涉案的另有其人，讓郭秀去暗查徐樹屏。陳廷敬去拜訪臥病的王振業，懷疑王振業涉案。

郭秀試探出徐樹屏身上有疑點。牢中的濟善突然招供，表示一切都是王振業指使自己做的，考題則來自內監八喜。陳廷敬抓了八喜和王振業。陳廷敬負責審問王振業，徐乾學負責審問八喜。王振業承認一切都是自己與濟善合謀的，陳廷敬發現兩人口供的細節對不上，懷疑另有隱情，八喜承認是自己勾結濟善和王振業出賣考題。索額圖指示心裕，鄉試一案一定要儘快結案，不能再讓陳廷敬往下挖了。陳廷敬發現了案情的更多疑點，懷疑徐乾學審問八喜的結果有問題，郭秀髮現八喜被徐乾學屈打成招。徐乾學催促陳廷敬儘快結案，陳廷敬不肯，徐乾學向陳廷敬施壓。康熙幫陳廷敬爭取時間。王振業受到幕後人物的指使，向陳廷敬招供，表示指使自己舞弊的人是禮部侍郎甯布海。

王振業在牢中上吊自殺，留下遺書指證濟善和寧布海。陳廷敬王振業居然是明珠的門生。八喜交代自己之前的口供是徐乾學逼他說的，誣陷自己的人是康熙的總管梁九功。陳廷敬找上徐乾學，指出他的兒子徐樹屏徇私舞弊。徐乾學向索府求救，被索額圖拒絕。一直跟蹤明珠的湯福慧喬裝成落難啞女，被燕歸堂老闆燕姐收容。明珠和余國柱在燕歸堂見面密商。第二天，陳廷敬被參劾助子作弊。康熙下旨暫停鄉試案，親自考試徐樹屏和陳壯履。徐乾學擔心徐樹屏，來向明珠求情，明珠拒絕。御前考試前夕，周承來安慰壯履，帶壯履去喝酒，灌醉了壯履。壯履醒來，發現自己睡在一家妓院內，已經誤了入宮考試的時辰，意識到自己中了周承的圈套。

陳壯履遲到，參加御前考試，但因宿醉而寫不了字，徐樹屏也答得一塌糊塗，坐實了兩人科場舞弊的罪名。陳廷敬主動辭官，索額圖命人上摺子揭露陳壯履在禦考前夕召妓玩樂。康熙駁回陳廷敬辭官的請求，讓他親自審問陳壯履。陳壯履說自己中了周承的圈套，周承聲稱是陳壯履主動召妓。陳廷敬讓郭秀去查妓院，妓女作證陳壯履是她們的常客，並拿出陳壯履的國子監出入牌為證據。陳廷敬將陳壯履打入大牢。康熙表示可以特赦陳壯履，陳廷敬不願開此特例，采薇等人怨恨陳廷敬冷酷無情。郭秀查到周承之父與心裕有往來。康熙把梁九功的供詞給了陳廷敬，密示陳廷敬此案不必顧忌。陳廷敬帶人去索府抓走了心裕。索額圖去找康熙為心裕求情。

索額圖被奪去爵位降為四品佐領，心裕被削爵革職，順天鄉試重考，由康熙親自主持。陳廷敬宣佈順天鄉試舞弊案結案，陳壯履、徐樹屏等作弊考生被革去功名，發配甯古塔。陳壯履對陳廷敬心灰意冷。王夫人要陳廷敬賜她一紙休書，她也要隨壯履去甯古塔，壯履對父親心灰意冷，陳廷敬進退兩難。王夫人讓壯履給她抄佛經，皇貴妃生病，王夫人送上壯履所抄的佛經，皇貴妃感念王夫人愛子之心，決定成全她。康熙知道佛經是壯履所抄，對他起了憐才之心，提壯履過來再試。當著康熙和陳廷敬的面，壯履做應制詩，展露才華。康熙知道壯履之前發揮失常必有原因，命陳廷敬去查明。壯履被釋放，采薇和壯履對父親都很冷淡，壯履質問陳廷敬虧欠家人太多，陳廷敬無言以對。

明珠壽辰，康熙厚賜，群臣都趕著送禮。徐乾學為救兒子，向明珠獻出了家傳的《古詩四帖》。陳廷敬的兄長陳忘機擔心陳廷敬在官場陷的太深，但陳廷敬依然相信康熙是個明主。康熙命陳廷敬監修明史，卻因為史官堅持真相而觸犯了康熙的忌諱，陳廷敬挺身而出保護史官，令康熙失望。明珠趁機向康熙舉薦徐乾學。徐乾學一味迎合康熙喜好，逼眾史官按他的指點編書。陳廷敬暗中幫助史官出版了被刪除的史料。康熙借春節賜字敲打陳廷敬，陳廷敬更覺灰心。明珠趁拉攏陳廷敬，被陳廷敬拒絕。索額圖詆毀陳廷敬與明珠暗通有無，康熙命索額圖暗中調查。雲南巡撫王繼文私扣軍餉，馬守備憤而帶領士兵嘩變。王繼文命下屬張魯血腥鎮壓。

王繼文命張魯追殺馮仲宣到京城，張魯送上王繼文密信向明珠求助，王繼文妻納蘭夫人是明珠的妹妹。明珠命順天府尹搜索全城，麻勒吉暗稟索額圖，順天府捕頭抓住馮仲宣，想要殺人滅口，麻勒吉的手下沖出來救了馮仲宣。帳冊落入索額圖手中，索額圖把帳冊交給康熙，康熙任命陳廷敬為欽差，去雲南查王繼文案。明珠來造訪陳廷敬，把康熙讓索額圖暗查他的消息告訴陳廷敬。陳廷敬知道康熙已不再信任自己，深受打擊。納蘭容若托陳廷敬給姑姑納蘭明月帶一封信，他在信中拜託姑姑幫助陳廷敬。陳忘機對壯履講陳廷敬少年時的事蹟，壯履瞭解了父親的追求和信仰。陳廷敬和郭秀來到貴州，即將抵達雲南。王繼文命張魯在貴州境內暗殺陳廷敬，把責任推給雲貴總督蔡亦榮

容若病勢沉重，求明珠如果陳廷敬落在他手上，務必放他一條生路。明珠答應。陳廷敬等人在貴州遇到追殺，逃入山林。雲貴總督蔡亦榮暗中營救陳廷敬，只想置身事外，把陳廷敬活著送出貴州。陳廷敬抵達昆明，王繼文將陳廷敬軟禁起來。陳廷敬想借容若的書信求助納蘭夫人，卻發現她行為異樣。王繼文偽造證據，稱所謂貪污軍餉一事是馮仲宣因私怨報復他，逼迫陳廷敬對馮仲宣用刑。王繼文霸道地撕毀帳冊，陳廷敬命人把馮仲宣押入大牢。陳廷敬去探馮仲宣的監，郭秀揭露陳廷敬將馮仲宣打入大牢是心存保護之意，而且王繼文撕毀的不過是副本，帳冊的真本依然在陳廷敬手中。陳廷敬命人全力保護馮仲宣。忠武營眾官兵得知馬守備被王繼文害死在獄中，群情激憤，

孟義帶領忠武營官兵殺了上官造反，包圍巡撫衙門要殺王繼文。王繼文要血腥鎮壓，忠武營官兵沖入王繼文府衙，陳廷敬故意讓忠武營官兵挾持自己，從王繼文處脫身。忠武營孟義等人誤會陳廷敬是王繼文的同黨，陳廷敬說服他們追隨自己查清王繼文的罪名。王繼文想借孟義之手殺死陳廷敬，強攻碧雞山。王繼文聲稱孟義等人是吳三桂餘黨，劫持欽差，傳書蔡亦榮，讓他來一起“平亂”。蔡亦榮帶著人馬來到雲南。王繼文命張魯帶人偽裝成叛軍，趁亂殺陳廷敬。陳廷敬失蹤，留下血衣。蔡亦榮發現王繼文殺死了陳廷敬，王繼文脅迫蔡亦榮自己一起署名上奏，聲稱陳廷敬殉職。王繼文逼郭秀結軍餉案。皇上收到陳廷敬死訊，懷念老師，格外傷感。

山西陳府接到張宸英報信，得知陳廷敬死訊，震驚不已。陳忘機和陳廷愫親赴雲南尋找陳廷敬屍骨，壯履和張宸英一同回京支撐家事。容若意外得知陳廷敬身亡的消息，引恨而亡。其實陳廷敬沒有死，只是身受重傷，在孟義等人的保護下藏身昆明城外尼庵，尼姑無念喝破孟念等人的行蹤，孟義求無念收留，無念准他們留幾日。陳廷敬得知榆錢死訊，傷痛不已，聽了孟義講述避險經過，又對無念的身份生疑。陳廷敬求見無念被拒，陳廷敬堅持跟著安嬤嬤，揭破了無念的身份，正是王繼文的夫人納蘭明月。陳忘機和陳廷愫來到昆明找陳廷敬，通過義莊留下的線索，猜到可能是王繼文暗害陳廷敬，找到了靜慈庵，卻不知道已經被王繼文盯上了。

陳廷敬兄弟重逢，陳廷敬將自己寫的密折交給陳廷愫，要他們務必在新的欽差到達之前送出雲南。無念突然將陳廷敬趕出了靜慈庵，陳廷敬猜出無念有危險，逼他離開是為了救他，立刻讓忠武營官兵去救無念。王繼文威逼無念不成，殺死安嬤嬤，危急之際孟義等人救了無念逃跑。陳廷愫帶著密折回到京城，交給了索額圖，索額圖將密折交給了康熙。陳廷敬說服了蔡亦榮出面保護他，與王繼文三人互博，最終蔡亦榮選擇了幫助陳廷敬。為了得到明珠的幫助，王繼文被迫迎無念回府，無念要王繼文放棄娟娘性命。陳廷敬再次領兵搜查銀庫，王繼文挾持郭秀斥責陳廷敬沒有證據亂抓人，無念帶著娟娘走了出來，原來娟娘沒有死，這一切只是陳廷敬和無念設的計謀。

王繼文被壓解回京，雲南百姓夾道恭送陳廷敬。陳廷敬帶傷覲見康熙暈倒，陳廷敬再提辭官，康熙卻後悔派陳廷敬去雲南，還懷疑陳廷敬的忠誠，欲與陳廷敬重續君臣情誼，沒有允准陳廷敬辭官。陳家一家團圓，陳廷敬祭拜納蘭性德，偶遇明珠，兩人誓不兩立。趙柳堂找王繼文封口，明珠利用無念寫義絕書狀告王繼文，借機在朝堂中樹立早與王繼文誓不兩立的態度脫身。朝會上，郭秀明參劾明珠，在索額圖的授意下，滿朝文武共同保明珠，引發康熙對明珠的猜忌，明珠卻趁機借喪子之痛為理由，告罪辭官，康熙對明珠心有不忍，駁回了明珠的辭呈。王繼文最終在明珠手上被定罪問斬。徐乾學故意在康熙面前透露了群臣給明珠起的外號“明相國”，引起康熙警覺。工部出事。

陳廷敬阻止康熙徵稅，向他獻計，用漕糧代工賑，康熙趁機將陳廷敬調任為工部尚書。陳壯履和張宸英都考中進士，陳壯履點庶起士，康熙高興，留陳壯履在御前行走。張宸英回湖北侍疾，陳廷敬索性將采薇和張宸英的婚事辦了，讓兩人一起回了湖北。黃河再次決堤，康熙震怒，朝臣討論天災還是人禍。欽天監監正嚴松齡算出了天災的結論，康熙也令戶部加緊調撥銀子往高郵賑災，陳廷敬懷疑天災之說，尋問陳忘機，但陳忘機的解釋卻讓他更加懷疑。崔維雅有治河之才，曾因罵康熙被革職永不錄用，他找上郭秀幫忙送一份治河方略給康熙，郭秀請來陳廷敬，陳廷敬再三試探，發現崔維雅罵靳輔胡亂治河並不是說謊，他猶疑參半，最終還是決定將崔維雅的結論上報康熙。

陳廷敬舉薦崔維雅，遭到參劾，陳壯履在康熙面前稱讚自己的大伯父陳忘機無所不能，使康熙對陳忘機產生興趣，下旨召見陳忘機。康熙要讓陳忘機給太子當老師，被陳忘機拒絕。趙柳堂偶然在酒館認出了陳忘機，原來他就是曾詐死不肯受詔的前明狀元。
明珠參陳廷敬和陳忘機欺君之罪，康熙欲降罪于陳家，陳廷敬願意承擔責任。陳忘機求康熙看在陳廷敬幾十年為君效忠的份上，放過陳氏一族。康熙給出陳忘一天的時間，要他自己選擇，要麼歸降要麼死。陳忘機選擇了屈服於康熙，答應教導太子，同時提出條件，就是要康熙給崔維雅一次機會。陳家成為康熙面前的紅人新貴，明珠對陳廷敬更加忌憚，命令趙柳堂設計陳廷敬，伺機對他下手。陳忘機奉旨入欽天監查看晴雨錄。

陳忘機發現嚴松齡造假，嚴松齡聽聞事情敗露竟然嚇死。康熙成立河工調查四人組，左都禦史佛倫帶領工部尚書陳廷敬、蔡毓榮查案，又命崔維雅協助。而明珠在燕歸堂約見弗倫密謀，送他一把寶劍，祝他去江南旗開得勝。陳廷敬等四人到高郵，河道總督靳輔和副手陳天一迎接眾人。崔維雅告訴陳廷敬，管河同知陳天一曾是自己的學生，後來離開了自己，轉投靳輔，是個小人。弗倫先和靳輔見面密謀，原來靳輔每年會給明珠五十萬兩河工銀子。四人組開始約談治河官員，崔維雅對陳天一步步緊逼。關鍵時刻，靳輔與崔維雅針鋒相對又把矛頭指向陳廷敬的工部，要五人組去調查工程。做為主審官的弗倫和蔡毓榮和稀泥，事情陷入膠著。靳輔怒極當場摘官帽走人。

弗倫暗中拉攏蔡毓榮打壓陳廷敬和崔維雅，蔡毓榮勸說陳廷敬各退一步，陳廷敬知道蔡毓榮就是來牽制自己的，同時又發現弗倫和靳輔密會，而黃司敬同時又把自己在河工兩年的所探，都寫信告訴了陳廷敬，陳廷敬大怒。心裕強行帶陳壯履去燕歸堂，陳壯履卻見到了久尋不見的湯福慧。湯福慧給陳壯履遞了一張紙條，是關於陳廷敬在高郵的遭遇。靳輔雖主動找上了崔維雅求和，並許之以副河督之位，不想崔維雅卻不屑一顧，還大罵靳輔。陳廷敬怒斥陳天一，陳天一交待靳輔貪腐。靳輔威脅陳天一。崔維雅將靳輔拉攏自己的事情告訴陳廷敬，陳廷敬感動于崔維雅並不為權勢所動。兩人話被蔡亦榮聽到。四人組重審陳天一，崔維雅卻突然在庭審時反水。

崔維雅突然反水，還反咬陳天一挾私報復。陳廷敬這才發現弗倫、蔡亦榮、崔維雅三人已經同流合污。京城，明珠在燕歸堂發現湯福慧和湯賓長得像，明珠欲殺她。湯福慧被陳壯履救出，陳壯履找郭秀商量幫助陳廷敬的辦法。陳廷敬找到陳天一，幫他重拾對人性的信心，陳天一畫出了原來和靳輔一起畫的最初的一份工程圖。陳廷敬帶著陳天一回專案組，弗倫直接將陳天一下獄，陳廷敬強行保下陳天一，黃思敬卻主動認罪，承認黃河決堤是工部的責任。四人組帶著靳輔、以及下獄的陳天一、黃思敬回京，明珠一黨借機彈劾陳廷敬治下不嚴。康熙要陳廷敬暫時退出四人組，陳廷敬卻要郭秀幫忙暗中調查黃思敬。陳廷敬向康熙表示會調查黃司敬，康熙明白他的意思，暗中授意。

陳壯履帶湯福慧回家時，被莫爾根跟蹤出手殺她，兩人在逃命的過程中偶遇心裕，心裕出手救了兩人。湯福慧回到陳府，告訴陳廷敬自己握有的明珠罪證，陳廷敬卻要求她蟄伏。心裕將湯福慧的事情告訴索額圖，索額圖意識到湯福慧必然握有明珠的把柄，索額圖要心裕幫助陳壯履和湯福慧。郭秀通過調查，發黃思敬是被人收買，為了兒子的前途做偽證，陳廷敬前往國子監試探黃嶺。徐乾學主動提出幫陳廷敬，收黃嶺為學生。徐乾學對明珠銜恨，願意幫住明陳廷敬打倒明珠。在黃嶺的苦求下，黃思敬終於吐露實情。陳廷敬將結果報給康熙，康熙懷疑明珠和靳輔、弗倫勾結，當場起複索額圖，命他和內閣組成審訊小組，嚴審靳輔和弗倫。

六部審查，矛頭都指向靳輔，靳輔吐出自己挖新運河、高郵築重堤都是是聽從明珠的安排，但明珠、弗倫等把一切罪責都推到了靳輔的頭上。靳輔被判流放，弗倫被貶為佐領，明珠輕鬆脫身。為保湯福慧，陳壯履求得心裕的幫助，設定湯福慧跳崖假死，明珠信以為湯福慧已死。康熙下旨任命陳廷敬為吏部尚書，掌管百官的升遷考核。康熙和明珠等內閣重臣一同談論史書心得。陳廷敬提出“君子不黨”的理念，康熙力贊陳廷敬的見識高明，禦書此四字賜給明珠等人，暗含警告之意。陳廷敬五十大壽，康熙禦旨賜陳廷敬一座府邸賀壽，明珠對陳廷敬更加忌憚。陳廷敬和王夫人盼著采薇回來，但只盼來了張宸英一個人，原來，采薇有孕了。陳廷敬問起張汧買《古詩四帖》的事情。

左都禦史一職出現空缺，陳廷敬向康熙舉薦郭秀，但被明珠反對，康熙提撥了徐乾學為左都禦史。張汧發現祖澤深賣假鹽引，留下了假茶引和假鹽引作為證據。祖澤深得密告明珠相助。明珠派趙柳堂攜帶當年徐乾學獻給他的《古詩四帖》前往湖北給張汧下套。張汧對四帖愛不釋手，然而古董商開價五千兩，張汧回家命鄭師爺從銀庫取出五千兩暫借。陳廷敬收到張汧的關於祖澤深的公文，立刻向康熙回報，康熙將此事交給徐乾學處置，郭秀主動接過辦案權。郭秀來到湖北，祖澤指責張汧誣告，張汧拿出手頭的假茶引、假鹽引以及賄銀作為證據，但是所有的證據都不翼而飛，就連《古詩四帖》也消失了，張汧知道自己中了圈套，張家大禍臨頭。

張汧意識到自己是受了陳廷敬的連累，祖澤深逼張汧誣告陳廷敬，遭張汧嚴辭拒絕。采薇回京求助，半路卻遭人搶劫包裹，幸得官兵相助奪回包裹。徐乾學把湖北的事情告訴康熙，康熙命他親自前往湖北辦案。徐乾學來到湖北，立刻把張汧下獄，徐乾學示意郭秀明珠的目的是為了扳倒陳廷敬。采薇回到陳家，求陳廷敬救張家，陳廷敬將張汧書信交給康熙，請康熙將張汧案相關人員帶回京城審問。康熙同意了，下旨命徐乾學帶犯人回京。郭秀提前回京，把徐乾學的話告訴陳廷敬，告訴他徐乾學的目的是讓陳廷敬和明珠相互殘殺，他坐收漁滃。徐乾學將自己審案的結果呈報康熙，暗指張汧和陳廷敬有勾結，康熙下旨徹查。郭秀午門死諫彈劾明珠和祖澤深勾結。

康熙要索額圖暗中調查明珠和祖澤深之間是否有暗中來往。康熙不許陳廷敬幫張汧，采薇認為父親不近人情。徐乾學和辦案組討論案情，九萬兩贓銀沒有下落，明珠出主意讓徐乾學去搜犯官家眷采薇，陳廷敬保護采薇，但采薇決定與張家同生共死。采薇當著陳廷敬的面被帶走入獄。明珠派柳堂去獄中告訴張汧，采薇也入獄了，陳廷敬為了沽名釣譽，連女兒都不救。張汧對陳廷敬失望，為了保住家人，聽從了明珠的指使，誣告了陳廷敬。明珠求見康熙呈上前任史官私下編寫的《南疆逸史》，明珠提及這本書是在陳廷敬任《明史》總裁官時默許的，康熙見此書大怒，認為陳廷敬心中始終沒有真正忠於朝廷。陳廷敬被關押。康熙暗中去監牢見陳廷敬，陳廷敬求康熙饒過采薇。

康熙下令使陳廷敬和郭秀罷官回家，明珠等人看出康熙對陳廷敬有維護之意。陳壯履請求辭官回鄉侍奉父親，康熙惋惜陳壯履年少有才，駁回了陳壯履的辭官請求。張夫人病逝于獄中，采薇傷心，徹底對父母絕望。陳廷敬一家離京回山西。采薇因心裡恨陳廷敬，拒絕了康熙的特赦聖旨，陪張家人一起流放甯古塔。采薇半路生產，陳忘機及時帶侍衛趕至，救了采薇母子一命，陳忘機解釋，采薇終於明白自己錯怪了父親，是自己害了陳家，張汧悔恨不已。陳廷敬收到采薇生子的消息，一家人開心不已，一家人擔心采薇在甯古塔受苦，張羅著給采薇送東西。陳廷敬被扳倒，明珠重新翻張汧案中徐乾學借機對付他的舊帳，故意在康熙面前盛讚《古詩四帖》，康熙果然召集群臣欣賞。

陳壯履隨太子祭南嶽，得知鄭師爺還活著，為了幫父親翻案，私自前往湖北調查，康熙生氣陳壯履不思君恩，將他罷官回家。陳壯履重回父母身邊。陳壯履將自己在湖北查到的線索告訴陳廷敬，陳廷敬立刻意識到這或許是揭開真相的一個機會。張汧在甯古塔病逝，臨死前懺悔對不起采薇對不起陳家。遠在江蘇的徐乾學奉旨編完了《資治通鑒後編》，因編書編得好，康熙龍顏大悅，徐乾學終於得到了奉召入京的機會。徐乾學借機將自己兩年來在地方官場的所見所聞稟告康熙，直言官已經被明相國賣完。康熙聞言震怒，決定南巡。山西這邊，出現流民被官府認定為逆犯，陳廷敬盡自己所能，說服地方富戶聯合起來，開倉放糧接濟流民還開門收容了災民。

明珠決定找機會殺死陳廷敬一家，命莫爾根去山西。王知縣命令士兵們團團包圍了陳家大院，以“剿匪”為名強攻陳家大院，陳老夫人為兒子擋刀受了重傷。康熙聽到消息震驚，下令心裕趕去山西保護陳廷敬。陳家辦喪事，莫爾根驚訝地在陳家人中發現了湯福慧的身影，原來湯福慧竟然沒死。陳老夫人下葬後，王知縣要當場帶走陳廷敬和陳壯履，百姓們自發地圍成人牆將他們護在中間。心裕終於趕到，命令陳廷敬準備接駕，場面瞬間逆轉，莫爾根扮成普通弓箭手混在士兵中。康熙的御駕來到，陳廷敬攜一家老小跪迎接駕。康熙親自審理陳廷敬“謀反”案，然而主謀已死，康熙氣勢恢弘斬了知縣王孟春和綠營軍等一干主犯，陳廷敬為官兵求情，康熙將官兵全部投進大牢。

康熙將陳廷敬奪情起複，命他回京調查明珠賣官鬻爵的罪名。明珠猜出康熙去了山西，命人去找莫爾根。陳廷敬卻先找上了他的幕僚趙柳堂，言語欺詐勸他投靠自己當污點證人，並給了他一道錦囊，說關鍵時刻或許可以保他一命。趙柳堂嗤之以鼻，卻沒想到被躲在暗處的明珠府家奴看了個清楚。趙柳堂向明珠辭行，明珠最後請他喝頓酒，卻在酒中下毒欲毒死趙柳堂，被趙柳堂看出來，兩人撕破臉。趙柳堂按照陳廷敬錦囊中的計策，告訴明珠手裡有他的罪證帳冊，以此和明珠交易，逃到索額圖府上，卻沒想到還是被明珠派人殺死，搶到走了假帳冊。郭秀帶著古董行老闆到京，本來是為了指認趙柳堂，卻沒想到棋差一招，趙柳堂已經被滅口。

康熙回京，索額圖力證陳廷敬已經查出張汧案的關鍵證據，朝堂上索額圖力薦陳廷敬起複，康熙借此機會起複陳廷敬和郭秀，陳廷敬再任左都禦史，將趙柳堂、祖澤深相互勾結，陷害朝廷重臣之罪地大白於天下。明珠知道皇帝此時起複陳廷敬，十之八九就是要利用陳廷敬對付自己。莫爾根終於回京，他告訴明珠湯福慧非但沒死，還嫁給了陳壯履，成了陳廷敬的兒媳婦。明珠意識到自己的機會來了。采薇回到陳府，終於和陳廷敬一家團聚。陳廷敬上朝，明珠黨羽科爾坤、弗倫等人集體參劾陳壯履娶青樓女子為妻，這個人還是罪官湯斌的女兒。康熙要保陳壯履和陳廷敬，將陳廷敬罰俸祿半年，湯福慧易妻為妾。但朝臣們向康熙發起了更加猛烈的攻擊，康熙被明珠步步緊逼，大怒罷朝。

明珠不容康熙輕易揭過此事，讓大臣上摺子逼康熙做出決定，湯福慧為了不拖累陳家，前往大理寺擊鼓自首，非但把所以罪責都擔到自己身上，還把矛頭都指向了明珠，當著康熙的面，痛訴明珠的罪證，怒罵康熙信讒喜優，康熙命李玉將湯福慧賜死。康熙賜死湯福慧的事情告訴陳廷敬，並許諾會再賜給陳壯履一個妻子，陳壯履傷心辭官，被康熙駁斥。康熙命陳廷敬加緊查明珠案。陳廷和郭秀對外放出風聲，稱自己手握趙柳堂死前給的明珠的帳冊，上面都是明珠和諸大臣往來結黨的證據。郭秀查出蔡亦榮升遷太快不同尋常，陳廷敬命他嚴查蔡亦榮。陳廷敬約明珠喝茶，請他認罪，明珠裝傻試探陳廷敬，發現他手中其實根本沒有什麼帳冊，讓陳廷敬等著看他認罪。

大朝會，明珠突然自陳罪名，當庭痛數自己十大罪狀，並且指認在場全部朝臣，皆為自己黨羽，請求死罪。明珠突如其來的舉動，滿朝文武大亂，陳廷敬知道自己中了明珠的計，康熙只好忍怒安撫明珠。科爾坤擔心蔡亦榮出賣自己，明珠暗示自己會殺蔡亦榮，救科爾坤。明珠讓黨羽到乾清宮喊冤，逼康熙低頭，在乾清宮外鬧成一團，康熙命陳廷敬儘快調查明珠的罪證，平息朝堂之亂。陳廷敬向群臣立下軍令狀三天之內必定結案。陳廷敬提審蔡亦榮，蔡亦榮交待和明珠、余國柱、科爾坤的關係，透露自己給了科爾坤五萬兩銀子買官，科爾坤介紹了明珠給他。陳廷敬請康熙下道密旨。陳廷敬找到明珠，宣康熙口喻，命他進宮，余國柱看到明珠進宮，余國柱意識到出事。

明珠一入宮就被囚禁在武英殿，索額圖親自看守。余國柱和科爾坤等黨羽商量為自己打算，準備在適當的時候拋棄明珠。陳廷敬找上余國柱等人，抓走科爾坤，告訴其他眾人明珠進了宮，康熙親自審，如果他認罪眾人則都能脫罪，如果明珠安然出宮，而余國柱等人就必須要下大獄。六個時辰後明珠出宮，余國柱憤恨逼問明珠拿自己當替死鬼。康熙要陳廷敬只拿明珠和科爾坤，但要保住余國柱，陳廷敬不肯留下餘罪，違抗康熙的命令，把余國柱等人拿下獄。康熙指責陳廷敬欺君之罪，陳廷敬卻又要辭官，被康熙駁回，任命陳廷敬任文淵閣大學士。陳廷敬去看望布衣的明珠，明珠恭喜陳廷敬終於官居一品，他等著看陳廷敬成為下一個自己，但陳廷敬卻告訴他，你永遠等不到我。