西寧鎮無名山峰，幼年陳長生和師兄余人自幼被師父計道人撫養長大，陳長生聰慧異常，熟讀三千道藏。

陳長生與師父師兄依依惜別，下了山，在神都京郊遇到魔族公主南客攻擊徐有容，救了被南客翎羽傷到中毒的徐有容。

陳長生前往天道院參加考試，結識了大周富商唐家的少爺唐棠，醉心於發明創造的唐三十六被陳長生的博學多才所折服，兩人相約日後切磋。

陳長生進了國教學院，打坐尋找命星失敗，手臂上的銀線再次延伸，計道人曾說如果銀線延伸到心臟陳長生就會死，陳長生不甘心，決心要找到改變命運的方法。

落落為了說服陳長生收自己為徒，想了不少辦法鬧了不少笑話，甚至鑿穿了百草園和國教學院之間的牆，正鑿穿了陳長生的浴室。

徐有容追蹤玄幽子到樹林後偶遇采藥的陳長生，兩人愉快相處，道別時，陳長生報出了自己的名字，徐有容震驚。

陳長生和徐有容打破了玄幽子的幻鏡，落落和秋山君趕來救人，兩人引開玄幽子，陳長生和徐有容得藥奴指點合力破開了藥爐，發現藥奴竟然是周園倖存者耶識呼瀾。

眾人尋找國教學院鑰匙陷入了僵局，陳長生一籌莫展。陳長生推測周園中或許會有周獨夫的修煉心得，能幫助自己改變命運。

莫雨對陳長生起了殺心，她引陳長生去寒潭，說寒潭底的岩石對疏通經脈有效果。陳長生落入寒潭，發現寒潭中竟然有一條被困住的小黑龍。

黑袍偽造徐有容的書信，約陳長生神都郊外見面，南客引徐有容最終到郊外，陳長生用陣符防禦，躲避著南客的攻擊。

陳長生告訴眾人關於小黑龍的故事，可眾人都不相信神都有龍，只有落落無條件地相信陳長生。

陳長生找到小黑龍，為自己不能救她感到抱歉，因為自己已經命不久矣，他最後一次引星光洗髓，一旦失敗就萬劫不復。

苟寒食正要和軒轅破開戰，陳長生衣衫狼狽地趕到，應戰。兩人文試，陳長生以三千道藏的博學戰勝了苟寒食。

買菜回來的軒轅破帶來了神都最新消息，神都最近發生了好幾起命案，死的都是青雲榜上的高手，聖後和教宗震怒，下令一定要找出兇手嚴懲。

落落探望陳長生，發現天海牙兒對陳長生動刑，十分心疼，本想對天海牙兒動手，又怕連累陳長生只得作罷。

可龍魂玉佩在天海牙兒手上，而他還在不斷汲取上面的龍魂，小黑龍變得痛苦虛弱，陳長生和夥伴們商量對策，用計將龍魂玉佩拿到手。

眾人正積極準備大朝試，而另一邊，魔族蓮殺死天道院學生，化作他的樣子混入了參加大朝試的人群中。

比試在教宗的青葉世界內發生，陳長生與苟寒食對戰，浴血奮戰，陳長生竟然選擇了現場突破武學境界，但是他心火燒身，差點無法控制。

陳長生到精舍找徐有容，此番情景被秋山君看到，可徐有容卻拒絕見他，秋山君的妒意激發了他身上的魔種。

陳長生帶著激動的心情進入了淩霄閣，經過仔細尋找，果然找到了周獨夫的筆記，上面卻有個十七連環套。

陳長生並沒有急於參悟，到處亂逛的態度讓白袍碑侍紀晉十分不悅，鄭重地警告了陳長生。

陳長生閉目出神，毫無抵抗之力，徐有容在黑袍手下救了長生，卻發現自己被黑袍所傷的傷口有中毒跡象。

陳長生回憶起兒時的事，意外發現山谷裡有一棵掛滿了紙鶴的樹，竟然是當年徐有容寄給陳長生的信，因為當年師父下了結界，這些信直到現在才收到。

莫雨奉命帶隊去抄了唐家，兩人相對無言。士兵要找唐三十六時，唐家主為保他，宣佈唐三十六已經被逐出家門。陳長生關心唐三十六，莫雨對此也無可奈何。

陳長生拿到了鑰匙，黑袍趕到，引爆埋藏在墓園附近的炸藥，情急之下，徐有容取出桐宮，帶著陳長生躲入，桐宮被衝擊波沖到無名之地。

徐有容落單後，被南客布下陷阱堵截，陷入迷陣中，遭遇圍攻。魔族高手琴律以琴聲進攻，反被徐有容借助琴聲判斷方位，擺脫迷宮的束縛，逃出生天。

陳長生與徐有容、七間陸續逃到日不落草原，被南客率軍包圍。南客利用魂木驅使神識追蹤，希望能夠逼迫陳長生找到周獨夫的墓園所在。

被包圍的陳長生與徐有容終於正面對決黑袍與南客師徒。陳長生的豪氣引發了劍池共鳴，萬劍齊發，周園也因這巨大的能量而進入毀滅狀態。

秋山君與莊換羽力證國教學院勾結魔族，唐三十六向莫雨求助。落落借用聖後的力量，終於把七間救了出來，帶到百草園。

秋山君發現長生五感漸失，長生希望他能幫助隱瞞有容，並希望他及早帶有容返回神都。而徐有容為了長生再次強行抽取真鳳之血，令秋山君動容。

藥爐峰結界內長生已失去四感，越發虛弱，有容不顧自身安危，幻化至鳳凰形態，抽取鳳血為長生煉藥，終因體力不支，即將功虧一簣。

服食丹藥後，連同秋山君、徐有容，甚至結界外的落落等人，共同點燃命星，欲破山河界，需聚星海潮，終將結界打破。

徐有容一番深情感動聖後，得以有機會去探視陳長生，卻沒想到聖後故意令秋山君看守陳長生，與天海牙兒聯手想要借刀殺人。

聖後惱怒出手鎮壓徐有容，卻在關鍵時刻發現了陳長生昔年贈給徐有容的一滴長生血，意識到長生就是自己的骨血。

白帝也對陳長生的病無能為力，落落得知神山許願能出現奇跡，冒險帶著陳長生勇闖妖族禁地，換到了神女靈藥。

黑袍未能害死陳長生，惡念迭生，率領魔族高手大舉前赴妖域，並從神都天牢裡救出唐海，控制唐海從唐三十六手中騙走了紅銅傘。

黑袍借著紅銅傘的力量削減了白帝的功法威力，兩人決戰，白帝頻頻遇險，其他人卻被紅銅傘阻在外面，無法入內幫忙。

秋山君漸漸入魔更深，甚至無法阻止自己午夜殺人。莫雨從殺人手法上看出了與離山劍宗有關，開始展開調查。

從聖後那裡得知陳長生竟然是太子身份，更令秋山君起了殺人滅口之心，想將罪行消彌於無形，也因此入魔越來越深。

唐三十六意外得知伏蛇組織的存在，四下探訪，開始懷疑這個組織與宮中權勢有關。

秋山君被押往天牢的路上，南客冒險劫囚車，將他救出生天。離山劍宗眾弟子受到牽連，均被問罪。

陳長生等人在玄幽子處發現了絕世毒香蜃月，疑心聖後將被謀害，趕往皇宮救駕。

教宗與國教學院的諸學子一起平叛亂局，天海家被誅，而國教學院立有奇功，終於得到了聖後的赦免，恢復了清白。

莫雨追查伏蛇組織的線索，抓住的伏蛇部下卻被樹葉奪命而死，伏蛇首領卻故意把線索引向了陳長生的師父計道人。

星陣忽明忽暗，十分不穩，更令徐有容起了隻身前赴魔族，擾亂魔族注意力的心思。

陳長生的生命被星陣的強大力量所吞噬，聖後阻之不及，徐有容從莫雨的房間裡蘇醒後，趕到星陣，看到陳長生的屍體，泣不成聲。

失去對陳長生感情記憶的落落，終於要背負神女的使命，回返妖族，護佑妖族安寧。

陳長生等人在離宮被教宗所困，危急之時，徐維信趕到，不惜犧牲性命，救出了女兒。

在教宗的授意下，周通率軍追殺陳長生等人，陳長生被迫帶著夥伴們跳下寒潭，借著小黑龍來躲藏。

聖後與教宗在天書碑決戰，被汗青偷襲受重傷。陳長生趕到，拼死保護聖後。徐有容與夥伴們趕到，被教宗關入青葉世界。

教宗破開小黑龍的冰封，殺至國教學院，計道人迎戰，兄弟相殘。無奈教宗手握神都兵馬大權，眾人只得退避躲到寒潭。

已練成青葉世界的教宗，在太后死後無人能抗衡。在黑袍的指點下，陳長生決定與夥伴們使用星圖的力量，以九星連珠之勢迎戰教宗。