第1話【機密事項一零一 藍色修羅花】，明治六十四年，東京市。經營古書店的店主．雪村，是秘密抹殺反政府組織成員的「鵺」夜的行刑人之一。雪村和「鵺」的同伴月城以及花風一起，受命殲滅企圖在東京城竣工慶典上暗殺慶喜的反體制派組織首領．蛇野目。月城和花風潛入慶典尋找線索，而雪村則在地道埋伏。 野獸異形。以藍血之力變身的雪村與之對峙。

第2話【機密事項零三三 金庫看守】，被盜名冊中的德川政府要員們逐個被殺。認為鵺中出現了叛徒的仁命令月城搜查叛徒，並派雪村和花風護衛金庫看守．恭子。逃離過程中，雪村得知了發生在自己的故鄉．鴉森的滅族事件的真相就在恭子腦中。另一方面，月城出現在雪村不在的古書店，將某種藥交給了淺陽。

第3話【機密事項六一四 害群之馬】，下令殺害金庫看守的人是仁，這同時也是慶喜的旨意。看著心情鬱悶的雪村，月城暗示復仇會令淺陽遭遇危險，並建議雪村與她分開。內心動搖的雪村於是暗下決心。與此同時，月城查出叛徒是清掃人。雪村．月城．花風三人約見清掃人。

第4話【機密事項零九九 朽繩】，帶走淺陽的人是仇敵．蛇埜目。而趕去救援淺陽的雪村被仁強行攔下。仁在逃跑過程中，身上背著的雪村卻被叛徒．月城給劫走。被帶到蛇埜目的大本營的雪村，終於見到了蛇埜目。於是情緒激昂的她便向對方拔出了刀刃。

第5話【機密事項六二零 惟神】，雪村選擇與哥哥．健一同赴死。但健向她暗示淺陽的存在，並為了保護雪村而死。帶著淺陽逃出敵人老巢的雪村雖大仇得報卻也失去了哥哥，內心深受喪失感的折磨。此時得知自己懷孕的花風決心脫離組織。雪村被其勇於向未來邁進的身姿所打動，卻在隔天早上發現了她的屍體。

第6話【機密事項六二三 東雲】，讓雪村吞下的毒藥其實是令人陷入假死狀態的藥。淺陽想起了月城的建議，於是欺騙眾人，為了讓雪村逃脫而竭盡全力。此時慶喜召見仁，命他奪回月城帶走的新藥，並獻出擁有藍血，也就是新藥的製造材料的雪村。

第7話【機密事項六三七 玉響之春】，雪村和淺陽逃往偏遠地區，在廢棄寺院之主．凜子的照顧下過著安穩的生活。另一方面，仁抓住了反體制派的轟，得知月城正在尋找剩餘的機密文件。獲得機密文件的月城為了傳達鴉森一族滅門案的真相而拜訪廢棄寺院，卻在看到有氣無力的雪村之後大失所望。月城注視著散發著藍光的，蛇埜目的新藥

第8話【機密事項六四二 逢魔之刻】，變成野獸異形的月城與雪村交手。在經歷一番苦戰之後，雪村抓住了結果月城性命的機會。不過此時她想起與淺陽立下的「不再殺人」的約定，並陷入猶豫之中。看到雪村對自己並不關心的月城感受到了孤獨。此時一道黑影如疾風般掠過，殘酷的現實在雪村面前展開。

第9話【機密事項六六八 魑魅之愛】，仁命令雪村回到行刑人的崗位，並回到了東京。出現在猶豫不決的雪村面前的人是廢棄寺院之主．凜子。她原來也是鵺的行刑人。與凜子一同造訪了自己的故鄉的雪村，為了完成倖存者的職責而前往東京。即便對政府的反感日益高漲，古書店依然一切如舊，雪村在其中找到了月城所藏匿的機密文件。其中記載了鴉森一族事件的真相。

第10話【機密事項零八九 大屬星】，十八年前，侍奉於慶喜的蛇埜目反復進行著殘酷的實驗。而身為實驗材料的年輕的仁，因為其旺盛的求生慾望而被選為鵺的行刑人。仁向慶喜效忠。時過境遷，蛇埜目背叛慶喜。仁被任命為曾是研究對象的鴉森一族的警衛。任務執行中他遇到雪村的母親．翔和，並喜歡上了她的純真。可慶喜卻無情地下達了抹殺鴉森一族的命令。

第11話【機密事項七零一 過去與未來】，雪村向仁發出質問，卻被慶喜找到了藏身處。仁丟下一句「二十四時在不忍池等你」，並放走了雪村。逃跑的雪村與本以為已經死去的花風再會，並從地下道逃脫，然而受慶喜之命前來追捕的凜子卻襲擊了她。逐漸被逼入絕境之後，下定決心的雪村打倒了凜子。雪村與風花一起回到古書店後，又遇上了一個熟悉的面孔。

第12話【有翼之人背負無翼之人 無翼之人祝福有翼之人】，JOE對MAC一戰終於開始。在一退一進的攻防戰中，讓兩人奮起反擊的，是支撐他們的家人與夥伴。全身心地揮拳，用靈魂互相碰撞的JOE和MAC。在這場戰鬥後，等待他們的將是——。